Sa création est imaginée par Léopold Sédar Senghor au sortir du premier Festival mondial des arts nègres de 1966. Le projet est approfondi dans les années 1970, mais n’aboutit pas. Sa construction est annoncée en 2009 par le président sénégalais Abdoulaye Wade qui en pose la première pierre le 20 décembre 2011, en présence de l’ambassadeur de Chine au Sénégal^[6]. En raison de l’alternance politique, les travaux sur le bâtiment ne débutent vraiment qu’en décembre 2013 et s’achèvent en décembre 2015.

Le projet aboutit cette fois grâce à un financement par la Chine, à hauteur de 20 milliards de francs CFA, soit plus de 30 millions d’euros. Ce financement est « plusieurs fois rappelé à l’extérieur et dans le bâtiment ». Pour autant, prévient le directeur Hamady Bocoum, « Les Chinois n’auront aucune influence sur notre programmation ». La construction est réalisée par l’entreprise chinoise Sanghai construction group. La remise des clés du bâtiment s’effectue le 26 janvier 2016 en présence du ministre de la Culture et de la Communication Mbagnick Ndiaye  et du vice-ministre chinois du Commerce Qian Keming.

L’inauguration du musée a lieu le 6 décembre 2018. Le ruban est coupé par le président Macky Sall, en présence du président des Comores Azaly Assoumani et du ministre chinois de la Culture Luo Chugang.